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生物医药数据统一接口 biomcp (typescript)

yeyuan98/biomcp-ts

1 Stars 34 次浏览更新于 2026-08-23

一个高性能的MCP服务器，为LLMs提供对24种生物医学工具的访问权限，这些工具分布在50多个上游API中，包括基因、变异、药物、疾病、文献和临床试验。它具有零配置启动、基于部分的获取、联合文章搜索以及全面的测试。

学术研究搜索工具

MCP 服务配置

复制以下 JSON 到 OPClaw 或其他 MCP 客户端的配置文件中即可使用

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "args": [
        "biomcp"
      ],
      "command": "npx"
    }
  }
}

服务介绍

BioMCP

一个高性能的MCP服务器，通过单一集成让LLM能够访问分布在50多个上游API中的24种生物医学工具——涵盖基因、变异、药物、疾病、文献和临床试验。

基于BioMCP Rust改编，并采用以代理为先的开发方法进行了增强。感谢原作者。

亮点

24种工具 覆盖7个领域 —— 搜索、检索和交叉引用生物医学实体
50多个上游来源 —— MyGene, MyVariant, MyChem, MyDisease, ClinVar, gnomAD, UniProt, Reactome, OpenTargets, CIViC, OncoKB, DisGeNET, GTEx, STRING, DGIdb, ClinicalTrials.gov, PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, PubTator, LitSense, Monarch Initiative, OpenFDA, NIH Reporter, AlphaGenome等
基于部分获取 —— entityGet(id, sections) 分散到多个源，每个部分有超时设置并优雅降级（失败的部分返回 { _error } 而不是崩溃）
联合文章搜索 —— 同时查询5个文献后端，并进行PMID/PMCID/DOI去重
零配置启动 —— 开箱即用；可选的API密钥解锁更高的速率限制和高级数据
195个测试 —— 131个单元测试（模拟）+ 64个集成测试（通过进程内MCP客户端调用实时API）

快速开始

安装与构建


git clone <repo-url> && cd biomcp-ts

make install build-bundle

使用Claude Desktop配置

在你的Claude Desktop claude_desktop_config.json中添加：


{

  "mcpServers": {

    "biomcp": {

      "command": "npx",

      "args": ["biomcp"]

    }

  }

}

或者从本地检出：


{

  "mcpServers": {

    "biomcp": {

      "command": "node",

      "args": ["/path/to/biomcp-ts/dist/bundle.js"]

    }

  }

}

直接stdio


npm start

任何兼容MCP的客户端

BioMCP通过stdio支持标准MCP。将任何MCP客户端指向biomcp二进制文件或node dist/bundle.js。

可用工具

基因 (7)

工具	描述
`gene_search`	通过符号、名称或关键词搜索基因，带有类型/染色体过滤器
`gene_get`	通过HGNC符号获取详细的基因信息，可选部分包括（通路、蛋白质、GO、相互作用、表达、约束、成药性、临床证据、疾病关联、资助）
`gene_diseases`	获取与基因相关的疾病（DisGeNET / OpenTargets）
`gene_drugs`	查找针对特定基因的药物（OpenTargets）
`gene_trials`	查找特定基因的临床试验
`gene_articles`	查找关于特定基因的文章
`gene_enrich`	对基因列表进行通路富集分析（Reactome）

变异 (4)

工具	描述
`variant_search`	通过rsid、HGVS、基因、ClinVar显著性、频率、CADD搜索变异
`variant_get`	获取详细的变异信息，可选部分包括（频率、预测、临床、alphagenome_scores）
`variant_oncokb`	获取OncoKB癌症变异注释（需要`ONCOKB_TOKEN`）
`variant_trials`	查找特定变异的临床试验

药物 (3)

工具	描述
`drug_search`	通过名称、机制或关键词搜索药物
`drug_get`	获取详细的药物信息，可选部分包括（美国监管、欧盟监管、WHO监管、安全性、靶点、适应症）
`drug_trials`	查找特定药物的临床试验

疾病 (4)

工具	描述
`disease_search`	通过名称、表型或关键词搜索疾病
`disease_get`	通过ID（DOID, MONDO, OMIM等）获取详细的疾病信息，可选部分包括（基因关联、表型、通路、生存率）
`disease_drugs`	获取治疗特定疾病的药物（OpenTargets）
`disease_trials`	获取特定疾病的临床试验（ClinicalTrials.gov）

文章 (2)

工具	描述
`article_search`	在PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, PubTator和LitSense上进行联合文献搜索
`article_get`	通过PMID获取详细的文章信息，可选部分包括（开放获取、注释、引用图）

试验 (2)

| 工具 | 描述 |
|------|-------------|| trial_search | 通过条件、干预措施、状态或阶段搜索临床试验 |
| trial_get | 通过NCT ID获取详细的试验信息，可选部分包括（资格、地点、结果） |

工具 (2)

工具	描述
`discover`	跨所有实体类型的概念自由文本解析
`batch_get`	并行检索多个实体

开发


make              # Show available targets

make install      # Install dependencies

make build-bundle # Compile and bundle into dist/bundle.js

make typecheck    # Type-check without emitting

make test         # Run unit tests (fast, mocked)

make test-integration  # Run integration tests (live APIs, ~60s)

make test-all     # Run all tests

make clean        # Remove build artifacts

环境变量

所有键都是可选的。BioMCP可以在没有任何键的情况下工作——它们解锁更高的速率限制和额外的数据源。

变量	来源	好处
`NCBI_API_KEY`	NCBI	提高PubMed / NCBI的速率限制
`S2_API_KEY`	Semantic Scholar	访问Semantic Scholar API
`OPENFDA_API_KEY`	OpenFDA	访问OpenFDA API
`NCI_API_KEY`	NCI CTS	NCI临床试验API
`ONCOKB_TOKEN`	OncoKB	OncoKB癌症变异注释
`DISGENET_API_KEY`	DisGeNET	疾病-基因关联
`UMLS_API_KEY`	UMLS	UMLS术语服务
`ALPHAGENOME_API_KEY`	AlphaGenome	AlphaGenome变异评分

许可证

MIT

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