Europe PMC 文献搜索 MCP 服务器

🔬 基于 FastMCP 框架开发的专业文献搜索工具，可与 Claude Desktop、Cherry Studio 等 AI 助手无缝集成

🚀 快速开始

0️⃣ 克隆项目

bash

克隆项目到本地

git clone https://github.com/gqy20/article-mcp.git
cd article-mcp

1️⃣ 安装依赖

bash

方法一：使用 uv (推荐)

curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh # 安装 uv
uv sync # 安装项目依赖

方法二：使用 pip

pip install fastmcp requests python-dateutil aiohttp

2️⃣ 启动服务器

bash

启动 MCP 服务器

uv run main.py server

或使用 Python

python main.py server

3️⃣ 配置 AI 客户端

Claude Desktop 配置

编辑 Claude Desktop 配置文件，添加：

json
{
"mcpServers": {
"article-mcp": {
"command": "uv",
"args": [
"run",
"--directory",
"D:\你的项目路径\article-mcp",
"main.py",
"server"
],
"env": {
"PYTHONUNBUFFERED": "1"
}
}
}
}

Cherry Studio 配置

json
{
"mcpServers": {
"article-mcp": {
"command": "uv",
"args": [
"run",
"--directory",
"你的项目路径\article-mcp",
"main.py",
"server"
],
"env": {
"PYTHONUNBUFFERED": "1"
}
}
}
}

4️⃣ 开始使用

配置完成后，重启你的 AI 客户端，即可使用以下功能：

• 🔍 搜索学术文献 (search_europe_pmc)
• 📄 获取文献详情 (get_article_details)
• 📚 获取参考文献 (get_references_by_doi)
• 🔗 批量处理DOI (batch_enrich_references_by_dois)
• 📰 搜索arXiv预印本 (search_arxiv_papers)
• ⭐ 评估期刊质量 (get_journal_quality)

---

📋 完整功能列表

核心搜索工具

工具名称	功能描述	主要参数
search_europe_pmc	搜索 Europe PMC 文献数据库	keyword, start_date, end_date, max_results
get_article_details	获取特定文献详细信息	pmid
search_arxiv_papers	搜索 arXiv 预印本文献	keyword, start_date, end_date, max_results

参考文献工具

工具名称	功能描述	主要参数
get_references_by_doi	通过DOI获取参考文献列表	doi
batch_enrich_references_by_dois	批量补全多个DOI参考文献	dois[] (最多20个)
get_similar_articles	获取相似文章推荐	doi, max_results
get_citing_articles	获取引用该文献的文章	pmid, max_results

质量评估工具

工具名称	功能描述	主要参数
get_journal_quality	获取期刊影响因子、分区等	journal_name, secret_key
evaluate_articles_quality	批量评估文献期刊质量	articles[], secret_key

---

⚡ 性能特性

• 🚀 高性能并行处理 - 比传统方法快 30-50%
• 💾 智能缓存机制 - 24小时本地缓存，避免重复请求
• 🔄 批量处理优化 - 支持最多20个DOI同时处理
• 🛡️ 自动重试机制 - 网络异常自动重试
• 📊 详细性能统计 - 实时监控API调用情况

---

🔧 高级配置

环境变量

bash
export PYTHONUNBUFFERED=1 # 禁用Python输出缓冲
export UV_LINK_MODE=copy # uv链接模式(可选)

传输模式

bash

STDIO 模式 (推荐用于桌面AI客户端)

uv run main.py server --transport stdio

SSE 模式 (用于Web应用)

uv run main.py server --transport sse --host 0.0.0.0 --port 9000

HTTP 模式 (用于API集成)

uv run main.py server --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 9000

API 限制与优化- Crossref API: 50 requests/second (建议提供邮箱获得更高限额)

• Europe PMC API: 1 request/second (保守策略)
• arXiv API: 3 seconds/request (官方限制)

---

📖 使用示例

搜索文献

json
{
"keyword": "machine learning cancer detection",
"start_date": "2020-01-01",
"end_date": "2024-12-31",
"max_results": 20
}

批量获取参考文献

json
{
"dois": [
"10.1126/science.adf6218",
"10.1038/s41586-020-2649-2",
"10.1056/NEJMoa2034577"
],
"email": "your.email@example.com"
}

期刊质量评估

json
{
"journal_name": "Nature",
"secret_key": "your_easyscholar_key"
}

---

🛠️ 开发与测试

运行测试

bash

运行功能测试

uv run main.py test

性能测试

uv run python test_performance_comparison.py

查看项目信息

uv run main.py info

故障排除

问题	解决方案
cannot import name 'hdrs' from 'aiohttp'	运行 uv sync --upgrade 更新依赖
MCP服务器启动失败	检查路径配置，确保使用绝对路径
API请求失败	提供邮箱地址，检查网络连接
找不到uv命令	使用完整路径：C:\Users\用户名\.local\bin\uv.exe

项目结构

mcp1/
├── main.py # 主入口文件
├── src/ # 核心服务模块
│ ├── europe_pmc.py # Europe PMC API
│ ├── reference_service.py # 参考文献服务
│ └── pubmed_search.py # PubMed搜索
├── pyproject.toml # 项目配置
├── uv.lock # 依赖锁定文件
└── README.md # 项目文档

---

📄 返回数据格式

每篇文献包含以下标准字段：

json
{
"pmid": "文献ID",
"title": "文献标题",
"authors": ["作者1", "作者2"],
"journal_name": "期刊名称",
"publication_date": "发表日期",
"abstract": "摘要",
"doi": "DOI标识符",
"pmid_link": "文献链接"
}

---

🌐 魔搭MCP广场部署

快速托管到魔搭MCP广场

魔搭（ModelScope）MCP广场为MCP服务提供云托管服务，基于阿里云函数计算，支持：

• ⚡ 毫秒级弹性启动
• 🔒 多租安全隔离
• 🌐 自动生成SSE服务地址
• 🛡️ 内置Bearer鉴权能力
• 📊 按实际调用计费

部署步骤

1. 访问魔搭MCP广场：https://modelscope.cn/mcp

2. 添加MCP服务，使用以下配置：

推荐配置（完整版）

json
{
"mcpServers": {
"article-mcp": {
"command": "uv",
"args": [
"run",
"python",
"main.py",
"server"
],
"repository": "https://github.com/gqy20/article-mcp.git",
"branch": "master",
"env": {
"PYTHONUNBUFFERED": "1"
},
"protocol": "stdio",
"runtime": "debian12",
"metadata": {
"name": "文献检索MCP",
"description": "基于Europe PMC、arXiv等多个数据源的学术文献搜索工具",
"version": "0.2.0",
"author": "gqy20",
"category": "学术工具",
"tags": ["文献检索", "学术搜索", "Europe PMC", "arXiv", "引用分析"]
}
}
}
}

简化配置（最小版）

json
{
"mcpServers": {
"article-mcp": {
"command": "uv",
"args": [
"run",
"python",
"main.py",
"server"
],
"repository": "https://github.com/gqy20/article-mcp.git",
"env": {
"PYTHONUNBUFFERED": "1"
}
}
}
}

1. 提交配置，魔搭将自动：
   • 拉取GitHub仓库代码
   • 安装依赖（通过uv）
   • 部署到函数计算
   • 生成SSE服务地址4. 测试服务：在MCP Playground中测试您的服务

特性优势

• 🚀 秒级部署：约1秒完成MCP服务部署
• 📦 零运维：无需管理服务器和基础设施
• 🔄 自动转换：STDIO模式自动转换为SSE服务
• 💰 按需付费：仅为实际使用时长付费
• 🛡️ 安全隔离：每个租户独立的SSE地址和运行环境

---

📦 发布包管理

PyPI 包发布

项目已准备发布到 PyPI，支持通过 uvx 命令直接运行：

bash

使用uvx直接运行（推荐）

uvx article-mcp@latest server

或安装后运行

pip install article-mcp
article-mcp server

NPM 包装器

为兼容性提供了 NPM 包装器：

bash

使用npx运行

npx @gqy20/article-mcp-wrapper@latest server

魔搭MCP广场配置选项

根据部署检测要求，提供三种配置方案：

🥇 方案1：使用 uvx（推荐）

json
{
"mcpServers": {
"article-mcp": {
"command": "uvx",
"args": [
"article-mcp@latest",
"server"
],
"env": {
"PYTHONUNBUFFERED": "1"
}
}
}
}

🥈 方案2：使用 npx

json
{
"mcpServers": {
"article-mcp": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"@gqy20/article-mcp-wrapper@latest",
"server"
],
"env": {
"PYTHONUNBUFFERED": "1"
}
}
}
}

🥉 方案3：GitHub 仓库（需手动审核）

json
{
"mcpServers": {
"article-mcp": {
"command": "uvx",
"args": [
"git+https://github.com/gqy20/article-mcp.git",
"server"
],
"env": {
"PYTHONUNBUFFERED": "1"
}
}
}
}

发布说明

• PyPI 包名: article-mcp
• NPM 包名: @gqy20/article-mcp-wrapper
• 版本管理: 统一使用语义化版本控制
• 自动更新: 使用 @latest 标签确保获取最新版本

---

📜 许可证

本项目遵循 MIT 许可证 - 详见 LICENSE 文件。

---

🤝 贡献

欢迎提交 Issue 和 Pull Request！

1. Fork 项目
2. 创建功能分支 (git checkout -b feature/AmazingFeature)
3. 提交更改 (git commit -m 'Add some AmazingFeature')
4. 推送到分支 (git push origin feature/AmazingFeature)
5. 打开 Pull Request

---

📞 支持

• 📧 提交 Issue：GitHub Issues
• 📚 文档：项目Wiki
• 💬 讨论：GitHub Discussions