nf-core MCP 服务器

一个用于管理和导航 nf-core 管道仓库的 MCP 服务器。

功能

• 列出本地的 nf-core 仓库（如 rnaseq, sarek, modules, tools）
• 访问管道配置和工作流
• 搜索管道文件
• 探索管道模块

安装

NPM 版本

cd nf-core_mcp
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Start the server
npm start

Docker 版本

# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

添加 nf-core 仓库

要将新的 nf-core 管道仓库添加到工作区：

1. 克隆仓库：

   # 导航到您的工作区目录（以 Windows 为例）
   cd /path/to/your/workspace
   
   # 克隆所需的 nf-core 仓库
   git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
   git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
   git clone https://github.com/nf-core/modules.git
   # 添加您想要管理的任何其他 nf-core 管道
   

2. 目录结构：
   您的工作区应如下所示：

   workspace/
   ├── rnaseq/
   ├── sarek/
   ├── modules/
   └── your-new-pipeline/
   

3. 验证安装：
   启动 MCP 服务器后，使用 list-pipelines 命令来验证您的新管道是否被检测到：

   list-pipelines
   

注意：MCP 服务器将自动检测并管理工作区目录中的所有 nf-core 管道仓库。

可用工具

1. list-pipelines

   • 列出工作区中所有的 nf-core 管道
   • 显示配置文件状态
   • 不需要参数

2. get-pipeline-modules

   • 从管道获取模块信息
   • 参数：
     • pipeline: 管道名称（如 rnaseq, sarek 或 modules）

3. search-pipelines

   • 搜索管道文件
   • 参数：
     • query: 搜索查询
     • pipeline (可选): 要搜索的具体管道

可用资源

1. pipeline-config

   • 获取管道配置
   • URI 格式: pipeline://{name}/config
   • 参数：
     • name: 管道名称（如 rnaseq, sarek 或 modules）

2. pipeline-workflow

   • 获取管道工作流
   • URI 格式: pipeline://{name}/workflow
   • 参数：
     • name: 管道名称（如 rnaseq, sarek 或 modules）

使用 Cursor IDE

使用 NPX（推荐）

在您的 mcp.json 中添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

使用 Docker

在您的 mcp.json 中添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

示例用法

在 Cursor 中使用 MCP 服务器：

# List available pipelines
list-pipelines

# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"

# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config

# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow

运行服务器

使用 NPM

# If installed globally
nf-core-mcp

# If installed locally
npx nf-core-mcp

# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp

使用 Docker

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

开发

# Install dependencies
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

# Run tests
npm test

# Run linter
npm run lint

许可证

MIT