PyMOL上下文

@vrtejus/pymol-mcp

0 Stars 393 次浏览 vrtejus 更新于 2026-08-23

通过模型上下文协议将PyMOL与Claude AI连接起来，允许通过自然语言命令进行会话式的结构生物学和分子可视化。

MCP 服务配置

复制以下 JSON 到 OPClaw 或其他 MCP 客户端的配置文件中即可使用

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "args": [
        "/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"
      ],
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python"
    }
  }
}

服务介绍

PyMOL-MCP: 将 PyMOL 与 Claude AI 集成

PyMOL-MCP 通过 Model Context Protocol (MCP) 将 PyMOL 与 Claude AI 连接起来，使 Claude 能够直接与 PyMOL 交互并控制它。这种强大的集成允许通过自然语言进行对话式的结构生物学、分子可视化和分析。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

功能

双向通信：通过基于套接字的服务器将 Claude AI 连接到 PyMOL
智能命令解析：对 PyMOL 命令进行自然语言处理
分子可视化控制：操纵表示、颜色和视图
结构分析：执行测量、对齐和其他分析
代码执行：从 Claude 在 PyMOL 中运行任意 Python 代码

安装指南

先决条件

系统上安装了 PyMOL
Claude for Desktop
Python 3.10 或更新版本
Git

步骤 1：安装 UV 包管理器

在 macOS 上：

brew install uv

在 Windows 上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

对于其他平台，请访问 UV 安装指南。

步骤 2：克隆仓库

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

步骤 3：设置环境

创建并激活一个 Python 虚拟环境：

python -m venv venv

在 macOS/Linux 上：

source venv/bin/activate

在 Windows 上：

venv\Scripts\activate

步骤 4：安装依赖项

激活虚拟环境后：

pip install mcp

步骤 5：配置 Claude 桌面版

打开 Claude 桌面版
转到 Claude > 设置 > 开发者 > 编辑配置
这将打开 claude_desktop_config.json 文件
添加 MCP 服务器配置：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

注意：使用系统上的实际完整路径。在 Windows 上，使用正斜杠 (/) 而不是反斜杠。

步骤 6：安装 PyMOL 插件

打开 PyMOL
转到插件 → 插件管理器
单击“安装新插件”选项卡
选择“选择文件...”并导航到克隆的仓库
选择 pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py 文件
单击“打开”并按照提示安装插件

使用方法

启动连接

在 PyMOL 中：
- 转到插件 → PyMOL MCP Socket 插件
- 单击“开始监听”
- 状态应变为“正在端口 9876 上监听”
在 Claude 桌面版中：
- 在聊天时，您应该会在工具部分看到一个锤子图标
- 单击它以访问 PyMOL 工具

示例命令

以下是一些您可以要求 Claude 执行的示例命令：

“加载 PDB 1UBQ 并以卡通形式显示”
“按二级结构为蛋白质着色”
“用棍状表示突出显示活性位点残基”
“对齐两个结构并显示它们的差异”
“计算这两个残基之间的距离”
“将此视图保存为高分辨率图像”

故障排除

连接问题：在尝试从 Claude 连接之前，请确保 PyMOL 插件正在监听
命令错误：检查 PyMOL 输出窗口中是否有任何错误消息
插件未出现：重启 PyMOL 并确认插件已正确安装
Claude 无法连接：验证 Claude 配置文件中的路径是否正确

限制与注意事项

套接字连接要求 PyMOL 和 Claude 都在同一台机器上运行
某些复杂操作可能需要分解为更简单的步骤
在使用实验性功能之前，请始终保存您的工作
加入我们的 Bio-MCP 社区以解决问题、提供反馈并改进 Bio-MCPS！https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

贡献

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许可证

本项目采用 MIT 许可证 - 详情请参见 LICENSE 文件。

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