cBioPortal MCP 服务器

这是一个高性能的异步模型上下文协议（MCP）服务器，使AI助手能够与cBioPortal中的癌症基因组数据进行交互。cBioPortal是一个探索多维癌症基因组数据集的平台。该服务器使用现代异步Python构建，以实现显著更快的数据检索速度。

功能

• 🔍 癌症研究：浏览和搜索cBioPortal中可用的癌症研究
• 🧬 基因组数据：访问基因突变、临床数据和分子谱型
• 🔎 搜索功能：通过关键词搜索研究、基因和样本
• 📊 多种数据类型：检索突变、临床数据和研究元数据
• ⚡ 异步性能：完全异步实现，显著加快数据检索速度（最高可达4.5倍）
• 📚 批量操作：并发获取多个研究和基因以提高性能
• 🔄 FastMCP集成：基于高性能FastMCP框架构建

目录

• 安装
• 使用
• 配置
• 可用工具
• 示例
• 故障排除
• 开发
• 许可证

安装

先决条件

• Python 3.8或更高版本
• pip（Python包管理器）
• Git（可选，用于克隆仓库）

设置环境

选项1：使用venv和pip（标准方法）

bash

创建虚拟环境

python -m venv cbioportal-mcp-env

激活环境

在Windows上：

cbioportal-mcp-envScriptsactivate

在macOS/Linux上：

source cbioportal-mcp-env/bin/activate

使用pip安装依赖项

bash

安装MCP SDK和FastMCP框架

pip install mcp>=2.0.0

安装其他依赖项

pip install httpx asyncio

选项2：使用UV（更快的替代方案）

UV 是一个现代的高性能Python包管理和环境管理工具，比pip快得多。

bash

如果还没有安装UV，请先安装

pipx install uv

或者使用Homebrew

brew install uv

使用UV创建并激活虚拟环境

uv venv

激活环境

在Windows上：

.venvScriptsactivate

在macOS/Linux上：

source .venv/bin/activate

使用UV安装依赖项

bash

安装MCP SDK和FastMCP框架

uv pip install mcp>=2.0.0

安装其他依赖项

uv pip install httpx asyncio

下载服务器

将cbioportal_server.py脚本下载到工作目录，或者克隆此仓库：

bash
git clone https://github.com/pickleton89/cbioportal-mcp.git
cd cbioportal-mcp

使脚本可执行（仅限Linux/macOS）

bash
chmod +x cbioportal_server.py

使用

启动服务器

使用默认设置启动服务器：

bash
python cbioportal_server.py

这将使用公共cBioPortal API https://www.cbioportal.org/api 启动服务器。

高级选项

使用命令行参数自定义服务器行为：

bash

使用不同的cBioPortal API实例

python cbioportal_server.py --base-url https://your-cbioportal-instance.org/api

指定不同的传输机制（目前仅支持stdio）

python cbioportal_server.py --transport stdio

配置

与Claude Desktop一起使用

1. 安装Claude Desktop
2. 打开Claude Desktop
3. 点击工具栏中的MCP Servers图标
4. 添加一个新的MCP服务器，并使用以下配置：

json
{
"mcpServers": {
"cbioportal": {
"command": "/Users/jeffkiefer/Documents/projects/cbioportal_MCP/.venv/bin/python3",
"args": ["/Users/jeffkiefer/Documents/projects/cbioportal_MCP/cbioportal_server.py"],
"env": {}
}
}
}注意： 请确保将路径替换为实际的Python可执行文件和服务器脚本路径。command字段应指向虚拟环境中的Python可执行文件（例如，.venv/bin/python3），而args数组的第一个元素应该是cbioportal_server.py脚本的路径。如果遇到ENOTDIR错误，请确保command字段正确设置为Python可执行文件而不是目录。

使用VS Code

在工作区设置中配置MCP服务器：

json
{
"mcp.servers": {
"cbioportal": {
"command": "python",
"args": ["/path/to/cbioportal_server.py"]
}
}
}

可用工具

cBioPortal MCP服务器提供了以下工具：

示例

这里是一些你可以向连接到此服务器的人工智能助手提问的例子：

"cBioPortal中有哪些可用的癌症研究？"
"在cBioPortal中搜索黑色素瘤研究"
"获取BRCA1基因的信息"
"乳腺癌研究中TP53存在哪些突变？"
"查找与肺癌相关的研究"
"获取TCGA乳腺癌研究中患者的临床数据"

性能

该服务器实现了完全异步支持，显著提高了从cBioPortal API检索数据时的性能。

基准测试结果

我们的测试显示，使用异步实现后性能有显著提升：

• 并发获取研究的速度比顺序操作快4.57倍
• 高效批量处理多个基因的检索
• 顺序操作与并发操作之间保持一致的数据质量

批量操作的优势

服务器提供专门用于利用并发性的批量操作工具：

• get_multiple_studies: 使用asyncio.gather并行获取多个研究
• get_multiple_genes: 实现智能分批以高效并发检索基因

这些方法包括详细的性能指标，如执行时间和批次计数，帮助您了解效率提升情况。

故障排除

服务器启动失败

• 确保已安装Python 3.8+：python --version
• 验证所有依赖项均已安装：pip list | grep mcp
• 检查控制台中的错误消息

Claude桌面版连接问题

• 确认配置中的脚本路径正确
• 确保脚本具有执行权限
• 查看Claude日志以获取详细的错误信息

API连接问题

• 确保互联网连接正常
• 验证cBioPortal API是否可访问：curl https://www.cbioportal.org/api/cancer-types
• 如果可能，尝试使用不同的API端点

开发

扩展服务器功能

您可以通过向CBioPortalMCPServer类添加新方法并将它们注册为工具来扩展服务器的功能：

python

添加一个新方法

def my_new_tool(self, parameter1: str, parameter2: int) -> Dict:
# 实现
return {"result": "data"}

注册新工具

self.mcp.tool()(self.my_new_tool)### 未来改进

未来版本的潜在改进：

• 对频繁访问的数据进行缓存
• 支持私有 cBioPortal 实例的身份验证
• 增加更多端点以提供更全面的数据访问
• 根据服务器性能微调并发限制
• 添加请求重试机制以实现更健壮的错误处理
• 为其他端点实现更多的并发批量操作方法

许可证

本项目采用 MIT 许可证 - 详情请参阅 LICENSE 文件。

致谢

• cBioPortal 提供开放访问的癌症基因组数据平台
• Model Context Protocol 使 AI 工具交互成为可能
• FastMCP 提供高性能的 MCP 服务器框架