SCMCP

一个用于 scRNA-Seq 分析的 MCP 服务器，支持自然语言！

🪩 它能做什么？

• IO 模块，如使用自然语言读取和写入 scRNA-Seq 数据
• 预处理模块，如过滤、质量控制、归一化、缩放、高变基因、PCA、邻居等
• 工具模块，如聚类、差异表达等
• 绘图模块，如小提琴图、热图、点图
• 细胞间通讯分析

❓ 这是为谁准备的？

• 任何想要用自然语言进行 scRNA-Seq 分析的人！
• 希望在其应用程序中调用 scanpy 函数的代理开发者

🌐 在哪里使用它？

你可以在大多数支持 MCP 的 AI 客户端、插件或代理框架中使用 scmcp：

• AI 客户端，如 Cherry Studio
• 插件，如 Cline
• 代理框架，如 Agno

🎬 演示

一个演示展示了如何在 AI 客户端 Cherry Studio 中使用基于 scmcp 的自然语言进行 scRNA-Seq 细胞簇分析

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ 快速开始

安装

从 PyPI 安装

pip install scmcp

你可以通过运行以下命令来测试它

scmcp run

本地运行 scnapy-server

请参考你在 MCP 客户端中的以下配置：

"mcpServers": {
  "scmcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

远程运行 scnapy-server

请参考你在 MCP 客户端中的以下配置：

在你的服务器上运行

scmcp run --transport sse --port 8000

然后配置你的 MCP 客户端，如下所示：

http://localhost:8000/sse

🤝 贡献

如果你有任何问题，欢迎提交 issue 或联系我（hsh-me@outlook.com）。也非常欢迎对代码做出贡献！