MCP Simple PubMed

一个通过Entrez API提供访问PubMed文章的MCP服务器。

功能

• 使用关键词搜索PubMed数据库
• 访问文章摘要
• 下载全文（当文章在PubMed上直接可用时，适用于开放获取的文章）

请注意，该工具返回的是全文的XML版本。然而，对于AI来说，这比“人类可读”的文本更有用，因为它提供了有关文档结构的额外信息。至少，这是Claude 3.5 Sonnet所说的他更喜欢的方式。

另外，请注意，如果此工具或其他工具无法提供论文的全文，并不一定是因为它不可用。在测试此工具时，我遇到了一篇在PubMed上没有全文的文章，当Claude使用fetch访问出版物URL（我们是通过DOI获得的）时，他得到了一个“禁止”错误。然而，我能够使用常规浏览器访问相同的页面。

换句话说，如果你的AI助手无法使用此工具获取论文的全文，值得尝试手动使用常规网络浏览器进行访问。

最后，当然这个工具不能让你访问付费墙后的付费文章。你可以通过你的图书馆访问或——作为最后手段——通过某个致力于使公共资助的研究免费可用的网站来阅读它们。

安装

通过Smithery安装

要通过Smithery自动为Claude Desktop安装Simple PubMed：

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

手动安装

pip install mcp-simple-pubmed

配置

服务器需要以下环境变量：

• PUBMED_EMAIL: 您的电子邮件地址（NCBI要求）
• PUBMED_API_KEY: 可选的API密钥，用于提高请求速率限制

标准的请求速率限制是每秒3次请求。没有实现速率限制，因为在典型的使用场景下，您的AI不太可能生成更多的流量。如果您需要，可以注册一个API密钥，这将为您提供每秒10次请求。关于这一点，请参阅NCBI页面上的说明。

与Claude Desktop一起使用

添加到您的Claude Desktop配置文件（claude_desktop_config.json）中：

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

（Windows）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

许可证

MIT许可证