Nextflow 开发者工具 MCP

这是一个为 Nextflow 开发和测试设计的模型上下文协议 (MCP) 服务器，使用 FastMCP 构建。

[!WARNING]
此 MCP 是为开发 Nextflow 本身而设计的，并非用于编写 Nextflow 流水线。

概述

此 MCP 为 Nextflow 开发提供了一套工具，包括：

• 从源代码构建 Nextflow
• 运行测试（集成测试、特定测试、插件测试）
• 运行开发版本的 Nextflow
• 管理 Nextflow 开发目录
• 访问 Nextflow 文档

安装

前提条件

• Claude 桌面应用程序
• Python 3.8+ 及 pip
• Nextflow 的 Git 仓库（本地克隆）

使用 FastMCP 在 Claude 桌面应用中安装

1. 安装 FastMCP CLI 工具：

pip install fastmcp

1. 克隆此仓库：

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

1. 在 Claude Desktop 中安装 MCP：

fastmcp install mcp-nextflow.py

这将使 MCP 在 Claude 桌面应用中可用。

使用 FastMCP 在 Cursor 中安装

1. 获取包含 FastMCP CLI 工具的虚拟环境路径。如果你使用的是 uv，它将在 .venv 目录中。
2. 获取你克隆的 Nextflow 仓库目录。
3. 向 Cursor MCP 服务器添加以下 json：

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

然后你应该能够在 Cursor 中使用 MCP。在代理模式下，让代理“测试 nf-amazon 插件”，它应该运行 make test module=plugins:nf-amazon。

设置环境变量

你可以在安装期间指定 Nextflow 目录：

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

与 Claude 一起使用

一旦安装完成，你可以在 Claude 桌面应用中访问 MCP：

1. 打开 Claude 桌面应用
2. 点击 Claude 界面中的 Tools 菜单按钮
3. 从已安装的 MCP 列表中选择 Nextflow Developer Tools

与 Cursor 一起使用

Cursor 是一个与 Claude 配合使用的 AI 驱动的代码编辑器。要使用 Cursor 中的 MCP：

1. 确保你已经按照上述说明安装了 MCP
2. 在 Cursor 中打开你的 Nextflow 项目
3. 在与 Claude 的聊天中，你可以引用 MCP：

   使用 Nextflow Developer Tools 运行 nf-amazon 插件的集成测试