UniProt MCP 服务器

这是一个提供访问 UniProt 蛋白质信息的模型上下文协议（MCP）服务器。该服务器允许 AI 助手直接从 UniProt 获取蛋白质功能和序列信息。

特性

• 通过 UniProt 登录号获取蛋白质信息
• 批量检索多个蛋白质
• 缓存以提高性能（24小时TTL）
• 错误处理和日志记录
• 信息包括：
  • 蛋白质名称
  • 功能描述
  • 完整序列
  • 序列长度
  • 生物体

快速开始

1. 确保已安装 Python 3.10 或更高版本
2. 克隆此仓库：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安装依赖项：

   # 使用 uv (推荐)
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或者使用 pip
   pip install -r requirements.txt
   

配置

将以下内容添加到您的 Claude Desktop 配置文件中：

• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

使用示例

在 Claude Desktop 中配置服务器后，您可以提出如下问题：

Can you get the protein information for UniProt accession number P98160?

对于批量查询：

Can you get and compare the protein information for both P04637 and P02747?

API 参考

工具

1. get_protein_info

   • 获取单个蛋白质的信息
   • 必需参数：accession (UniProt 登录号)
   • 示例响应：

     {
       "accession": "P12345",
       "protein_name": "示例蛋白质",
       "function": ["蛋白质功能描述"],
       "sequence": "MLTVX...",
       "length": 123,
       "organism": "智人"
     }
     

2. get_batch_protein_info

   • 获取多个蛋白质的信息
   • 必需参数：accessions (UniProt 登录号数组)
   • 返回一个包含蛋白质信息对象的数组

开发

设置开发环境

1. 克隆仓库
2. 创建虚拟环境：

   python -m venv .venv
   source .venv/bin/activate  # 在 Windows 上: .venv\Scripts\activate
   

3. 安装开发依赖项：

   pip install -e ".[dev]"
   

运行测试

pytest

代码风格

本项目使用：

• Black 用于代码格式化
• isort 用于导入排序
• flake8 用于代码检查
• mypy 用于类型检查
• bandit 用于安全检查
• safety 用于依赖漏洞检查

运行所有检查：

black .
isort .
flake8 .
mypy .
bandit -r src/
safety check

技术细节

• 使用 MCP Python SDK 构建
• 使用 httpx 进行异步 HTTP 请求
• 实现基于 OrderedDict 的缓存，具有 24 小时 TTL
• 处理速率限制和重试
• 提供详细的错误消息

错误处理

服务器处理各种错误场景：

• 无效的访问编号（404 响应）
• API 连接问题（网络错误）
• 请求限制（429 响应）
• 格式错误的响应（JSON 解析错误）
• 缓存管理（TTL 和大小限制）

贡献

我们欢迎贡献！请随时提交 Pull Request。以下是您可以贡献的方式：

1. 叉取仓库
2. 创建您的功能分支 (git checkout -b feature/amazing-feature)
3. 提交您的更改 (git commit -m 'Add some amazing feature')
4. 推送到分支 (git push origin feature/amazing-feature)
5. 打开一个 Pull Request

请确保适当更新测试并遵守现有的编码风格。

许可证

此项目根据 MIT 许可证许可 - 有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件。

致谢

• UniProt 提供蛋白质数据 API
• Anthropic 提供 Model Context Protocol 规范
• 帮助改进此项目的贡献者